Uno dei principali problemi con cui si dovettero confrontare gli scienziati del progetto Manhattan fu il reperimento dell’uranio. I tedeschi, che avevano avuto un vantaggio di qualche anno nella progettazione della bomba, si erano anche preoccupati di fare incetta di uranio nelle miniere europee. Per questo fu istituita la missione Alsos, alle dipendenze del generale Boris Pash, che arrivò in Europa con lo scopo di sabotare il programma nucleare tedesco e recuperare la maggior parte di uranio. I tedeschi avevano accumulato 68 tonnellate di uranio ad Anversa e altre 30 furono ritrovate nel sud della Francia. Queste scorte salparono da Marsiglia alla volta di Boston, ma non avrebbero rappresentato una quantità sufficiente per il progetto. Pash era al corrente che circa altre 900 tonnellate erano state accumulate dai tedeschi, senza sapere bene dove erano state nascoste. Nel febbraio 1945 la brigata Alsos rinvenì le 900 tonnellate di uranio a Stassfurt, ormai territorio sovietico, dove vennero fatte spedire negli USA. I sovietici considerarono questo come uno dei primi atti della guerra fredda.